王镜岩生物化学笔记(整理版)

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第一章蛋白质化学

教学目标：

1.掌握蛋白质的概念、重要性和分子组成。

2.掌握 α-氨基酸的结构通式和 20 种氨基酸的名称、符号、结构、分类；掌握氨基酸的重要性质；熟悉肽和活性肽的概念。

3.掌握蛋白质的一、二、三、四级结构的特点及其重要化学键。

4.了解蛋白质结构与功能间的关系。

5.熟悉蛋白质的重要性质和分类

导入：100 年前，恩格斯指出“蛋白体是生命的存在形式”；今天人们如何认识蛋白质的概念和重要性？

1839 年荷兰化学家马尔德（G.J.Mulder）研究了乳和蛋中的清蛋白,并按瑞典化学家 Berzelius 的提议把提取的物质命名为蛋白质

（Protein，源自希腊语，意指 “第一重要的” ）。德国化学家费希尔(E.Fischer)研究了蛋白质的组成和结构，在 1907 年奠立蛋白质化学。

英国的鲍林(L.Pauling)在1951 年推引出蛋白质的螺旋；桑格(F.Sanger)在1953 年测出胰岛素的一级结构。佩鲁茨(M.F.Perutz)和肯德鲁

(J.C.kendrew) 在1960 年测定血红蛋白和肌红蛋白的晶体结构。1965 年，我国生化学者首先合成了具有生物活性的蛋白质——胰岛素

（insulin）。

蛋白质是由 L-α-氨基酸通过肽键缩合而成的，具有较稳定的构象和一定生物功能的生物大分子（biomacromolecule）。蛋白质是生命

活动所依赖的物质基础，是生物体中含量最丰富的大分子。

单细胞的大肠杆菌含有 3000 多种蛋白质，而人体有 10 万种以上结构和功能各异的蛋白质，人体干重的 45%是蛋白质。生命是物质

运动的高级形式，是通过蛋白质的多种功能来实现的。新陈代谢的所有的化学反应几乎都是在酶的催化下进行的，已发现的酶绝大多数是

蛋白质。生命活动所需要的许多小分子物质和离子，它们的运输由蛋白质来完成。生物的运动、生物体的防御体系离不开蛋白质。蛋白质在

遗传信息的控制、细胞膜的通透性，以及高等动物的记忆、识别机构等方面都起着重要的作用。随着蛋白质工程和蛋白质组学的兴起和发展

人们对蛋白质的结构与功能的认识越来越深刻。

第一节蛋白质的分子组成

一、蛋白质的元素组成

经元素分析，主要有 C（50%～55%）、H（6%～7%）、O（19%～24%）、N（13%～19%）、S（0%～4%）。有些蛋白质还含微量的

P、Fe、Cu、Zn、Mn、Co、Mo、I等。

各种蛋白质的含氮量很接近，平均为16%。因此，可以用定氮法来推算样品中蛋白质的大致含量。

每克样品含氮克数×6.25×100=100g 样品中蛋白质含量（g%）

二、蛋白质的基本组成单位——氨基酸

蛋白质在酸、碱或蛋白酶的作用下，最终水解为游离氨基酸（amino acid），即蛋白质组成单体或构件分子。存在于自然界中的氨基酸有

300 余种，但合成蛋白质的氨基酸仅20 种（称编码氨基酸），最先发现的是天门冬氨酸（1806 年），最后鉴定的是苏氨酸（1938 年）。

（一）氨基酸的结构通式

组成蛋白质的 20 种氨基酸有共同的结构特点：

1．氨基连接在α- C 上，属于 α-氨基酸（脯氨酸为 α-亚氨基酸）。

2．R是側链，除甘氨酸外都含手性C，有 D-型和L-型两种立体异构体。天然蛋白质中的氨基酸都是 L-型。

注意：构型是指分子中各原子的特定空间排布，其变化要求共价键的断裂和重新形成。旋光性是异构体的光学活性，是使偏振光平面向

左或向右旋转的性质，（-）表示左旋，（+）表示右旋。构型与旋光性没有直接对应关系。

（二）氨基酸的分类

1．按R基的化学结构分为脂肪族、芳香族、杂环、杂环亚氨基酸四类。

2．按R基的极性和在中性溶液的解离状态分为非极性氨基酸、极性不带电荷、极性带负电荷或带正电荷的四类。

带有非极性R（烃基、甲硫基、吲哚环等，共9种）：甘（Gly）、丙（Ala）、缬（Val）、亮（Leu）、异亮（Ile）、苯丙（Phe）、甲硫

（Met）、脯（Pro）、色（Trp）

带有不可解离的极性R（羟基、巯基、酰胺基等，共6种）：丝（Ser）、苏（Thr）、天胺（Asn）、谷胺（Gln）、酪（Tyr）、半（Cys）

带有可解离的极性R基（共5种）：天（Asp）、谷（Glu）、赖（Lys）、精（Arg）、组（His），前两个为酸性氨基酸，后三个是碱性氨基

酸。

蛋白质分子中的胱氨酸是两个半胱氨酸脱氢后以二硫键结合而成，胶原蛋白中的羟脯氨酸、羟赖氨酸，凝血酶原中的羧基谷氨酸是蛋

白质加工修饰而成。

（三）氨基酸的重要理化性质

1．一般物理性质

α-氨基酸为无色晶体，熔点一般在200 oC 以上。各种氨基酸在水中的溶解度差别很大（酪氨酸不溶于水）。一般溶解于稀酸或稀碱，

但不能溶解于有机溶剂，通常酒精能把氨基酸从其溶液中沉淀析出。

芳香族氨基酸（Tyr、Trp、Phe）有共轭双键，在近紫外区有光吸收能力，Tyr、Trp 的吸收峰在280nm，Phe 在265 nm。由于大多数蛋白

质含 Tyr、Trp 残基，所以测定蛋白质溶液 280nm 的光吸收值，是分析溶液中蛋白质含量的快速简便的方法。

2．两性解离和等电点（isoelectric point, pI）

氨基酸在水溶液或晶体状态时以两性离子的形式存在，既可作为酸（质子供体），又可作为碱（质子受体）起作用，是两性电解质，

其解离度与溶液的pH 有关。

在某一pH 的溶液中，氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势和程度相等，成为兼性离子，呈电中性，此时溶液的pH 称为该氨基酸的

等电点。氨基酸的 pI 是由 α-羧基和 α-氨基的解离常数的负对数 pK1 和pK2 决定的。计算公式为：pI=1/2(pK1+ pK2)。

若1个氨基酸有 3个可解离基团，写出它们电离式后取兼性离子两边的pK 值的平均值，即为此氨基酸的等电点（酸性氨基酸的等电

点取两羧基的 pK 值的平均值，碱性氨基酸的等电点取两氨基的 pK 值的平均值）。

3．氨基酸的化学反应

氨基酸的化学反应是其基团的特征性反应。重要的有：

（1）茚三酮反应

所有具有自由 α-氨基的氨基酸与过量茚三酮共热形成蓝紫色化合物（脯氨酸和羟脯氨酸与茚三酮反应产生黄色物质）。用分光光度法可

定量测定微量的氨基酸。蓝紫色化合物的最大吸收峰在570nm 波长处，黄色在440nm 波长下测定。吸收峰值的大小与氨基酸释放的氨量成

正比。

（2）与 2，4-二硝基氟苯（DNFB）的反应

在弱碱性溶液中，氨基酸的 α-氨基很容易与DNFB 作用生成稳定的黄色 2，4-二硝基苯氨基酸（DNP-氨基酸），这一反应在蛋白质化

学的研究史上起过重要作用，Sanger 等人应用它测定胰岛素一级结构。

多肽顺序自动分析仪是根据相类似的原理设计的，即利用多肽链N端氨基酸的 α-氨基与异硫氰酸苯酯 PITC 反应（Edman 降解法）。

三、肽（peptide）

1．肽键与肽链

一个氨基酸的 α-羧基和另一个氨基酸的 α-氨基脱水形成的酰胺键称为肽键。由氨基酸通过肽键相连而成的化合物称为肽。肽键及其两

端的α-碳原子相连所形成的长链骨架，即…Cα—C—N—Cα—C—N—Cα—C—N—Cα…称为多肽主链，—CαCN—是重复单位。肽键是蛋

白质分子中的主要共价键。多肽链的方向性是从N末端指向C末端。

肽分子中不完整的氨基酸称为氨基酸残基。肽按其序列从 N端到 C端命名。一般10 肽以下属寡肽，10 肽以上为多肽。

2．生物活性肽

（1）谷胱甘肽（glutathione，GSH）

是由 Glu、Cys、Gly 组成的一种三肽，又叫 γ-谷氨酰半胱氨酰甘氨酸（含 γ-肽键）。Cys 的-SH 是主要功能基团，GSH 是一种抗氧化剂，是

某些酶的辅酶，可保护蛋白质分子中的-SH 免遭氧化，保护巯基蛋白和酶的活性。在 GSH 过氧化物酶的作用下，GSH 还原细胞内产生的

H2O2，生成 H2O，2分子 GSH 被氧化成 GSSG，后者在 GSH 还原酶催化下，又生成 GSH。

（2）多肽类激素和神经肽

人体内有许多激素属寡肽或多肽，如下丘脑—垂体分泌的催产素（9肽）、加压素（9肽）、促肾上腺皮质激素（ACTH，39 肽）等。催产

素和加压素结构仅第3、第 8位两个氨基酸残基不同，前者使平滑肌收缩，有催产和使乳腺泌乳的作用；后者能使小动脉收缩，增高血压，

也有减少排尿的作用。

神经肽是在神经传导过程中起信号转导作用的肽类。如脑啡肽（5肽）、β-内啡肽（31 肽）、强啡肽（17 肽）等。随着脑科学的发展，

会发现更多的生物活性肽。

第二节蛋白质的分子结构

蛋白质是生物大分子，结构比较复杂，人们用 4个层次来描述，包括蛋白质的一级、二级、三级和四级结构。一级结构描述的是蛋白质

的线性（或一维）结构，即共价连接的氨基酸残基的序列，又称初级或化学结构。二级以上的结构称高级结构或构象（conformation）。

一、蛋白质的一级结构（primary structure）

1953 年，英国科学家 F. Sanger 首先测定了胰岛素（insulin）的一级结构，有 51 个氨基酸残基，由一条A链和一条B链组成，分子中

共有3个二硫键，其中两个在A、B链之间，另一个在A链内。

蛋白质的一级结构测定或称序列分析常用的方法是Edman 降解和重组 DNA 法。Edman 降解是经典的化学方法，比较复杂。首先要纯

化一定量的待测蛋白质，分别作分子量测定、氨基酸组成分析、N-末端分析、C-末端分析；要应用不同的化学试剂或特异的蛋白内切酶水解

将蛋白质裂解成大小不同的肽段，测出它们的序列，对照不同水解制成的两套肽段，找出重叠片段，最后推断蛋白质的完整序列。重组

DNA 法是基于分子克隆的分子生物学方法，比较简单而高效，不必先纯化该种蛋白质，而是先要得到编码该种蛋白质的基因（DNA 片

段），测定 DNA 中核苷酸的序列，再按三个核苷酸编码一个氨基酸的原则推测蛋白质的完整序列。这两种方法可以相互印证和补充。

目前，国际互联网蛋白质数据库已有 3千多种一级结构清楚。蛋白质一级结构是空间结构和特异生物学功能的基础。

二、蛋白质的二级结构（secondary structure）

蛋白质的二级结构是指其分子中主链原子的局部空间排列，是主链构象（不包括侧链R基团）。

构象是分子中原子的空间排列，但这些原子的排列取决于它们绕键的旋转，构象不同于构型，一个蛋白质的构象在不破坏共价键情

况下是可以改变的。但是蛋白质中任一氨基酸残基的实际构象自由度是非常有限的，在生理条件下，每种蛋白质似乎是呈现出称为天然构

象的单一稳定形状。

20 世纪 30 年代末，L.Panling 和R.B.Corey 应用 X射线衍射分析测定了一些氨基酸和寡肽的晶体结构，获得了一组标准键长和键角，

提出了肽单元（peptide unit）的概念, 还提出了两种主链原子的局部空间排列的分子模型（α-螺旋）和（β-折叠）。

1．肽单位

肽键及其两端的α-C 共6个原子处于同一平面上，组成了肽单位（所在的平面称肽键平面）。

肽键 C—N键长为0.132nm，比相邻的单键（0.147nm）短，而较 C=N 双键（0.128nm）长，有部分双键的性质，不能自由旋转。肽键

平面上各原子呈顺反异构关系，肽键平面上的 O、H以及 2个α-碳原子为反式构型（trans configuration）。

主链中的 Cα—C和Cα—N单键可以旋转，其旋转角φ、ψ决定了两个相邻的肽键平面相对关系。由于肽键平面的相对旋转，使主链可

以以非常多的构象出现。事实上，肽链在构象上受到很大限制，因为主链上有 1/3 不能自由旋转的肽键，另外主链上有很多侧链R的影响。

蛋白质的主链骨架由许多肽键平面连接而成。

2.α-螺旋(α-helix)

α-螺旋是肽键平面通过 α-碳原子的相对旋转形成的一种紧密螺旋盘绕，是有周期的一种主链构象。其特点是：

① 螺旋每转一圈上升3.6 个氨基酸残基，螺距约 0.54nm（每个残基上升0.15nm，旋转100O）。

② 相邻的螺圈之间形成链内氢键，氢键的取向几乎与中心轴平行。典型α-螺旋一对氢键O与N之间共有13 个原子（3.613），前后间隔3

个残基。

③螺旋的走向绝大部分是右手螺旋，残基侧链伸向外侧。R基团的大小、荷电状态及形状均对α-螺旋的形成及稳定有影响。

3.β-折叠(β-pleated sheet)

β-折叠是一种肽链相当伸展的周期性结构。

① 相邻肽键平面间折叠成110O 角，呈锯齿状。

② 两个以上具 β-折叠的肽链或同一肽链内不同肽段相互平行排列，形成 β-折叠片层，其稳定因素是肽链间的氢键。

③ 逆向平行的片层结构比顺向平行的稳定。

α-螺旋和 β-折叠是蛋白质二级结构的主要形式。毛发中的 α-角蛋白和蚕丝中的丝心蛋白是其典型，在许多球蛋白中也存在，但所占比

例不一样。

胶原蛋白中存在的螺旋结构不同于一般的α-螺旋，是由 3条具有左手螺旋的链相互缠绕形成右手超螺旋分子。链间氢键以及螺旋和超

螺旋的反向盘绕维持其稳定性。

4．β-转角（β-turn）

为了紧紧折叠成球蛋白的紧密形状，多肽链180O 回折成发夹或β-转角。其处由4个连续的氨基酸残基构成，常有Gly 和Pro 存在，稳

定β-转角的作用力是第一个氨基酸残基羰基氧（O）与第四个氨基酸残基的氨基氢（H）之间形成的氢键。β-转角常见于连接反平行β-折

叠片的端头。

5．无规卷曲（random coil）

多肽链的主链呈现无确定规律的卷曲。典型球蛋白大约一半多肽链是这样的构象。

6．超二级结构和结构域

超二级结构和结构域是蛋白质二级至三级结构层次的一种过渡态构象。

超二级结构指蛋白质中两个或三个具有二级结构的肽段在空间上相互接近，形成一特殊的组合体，又称为模体（ motif）。通常有

αα，ββ，βαβ 等，例如钙结合蛋白质中的螺旋-环-螺旋模序及锌指结构。

结构域是球状蛋白质的折叠单位，是在超二级结构基础上进一步绕曲折叠有独特构象和部分生物学功能的结构。对于较小的蛋白质分

子或亚基，结构域和三级结构是一个意思，即这些蛋白质是单结构域的；对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个或两个以上

的相对独立的结构域缔合成三级结构。

三、蛋白质的三级结构（tertiary structure）

指一条多肽链中所有原子的整体排布，包括主链和侧链。维系三级结构的作用力主要是次级键（疏水相互作用、静电力、氢键等）。在

序列中相隔较远的氨基酸疏水侧链相互靠近，形成“洞穴”或“口袋”状结构，结合蛋白质的辅基往往镶嵌其内，形成功能活性部位，

而亲水基团则在外，这也是球状蛋白质易溶于水的原因。1963 年Kendrew 等从鲸肌红蛋白的 X射线衍射图谱测定它的三级结构（153 个氨

基酸残基和一个血红素辅基，相对分子质量为 17800）。由 A→H 8 段α-螺旋盘绕折叠成球状，氨基酸残基上的疏水侧链大都在分子内部

形成一个袋形空穴，血红素居于其中，富有极性及电荷的则在分子表面形成亲水的球状蛋白。

四、蛋白质的四级结构 (quaternary structure)

有些蛋白质的分子量很大，由 2条或 2条以上具有独立三级结构的多肽链通过非共价键相互结合而成，称为蛋白质的四级结构。构成

四级结构的每条多肽链称为亚基 (subunit)，亚基单独存在时一般没有生物学功能，构成四级结构的几个亚基可以相同或不同。如血红蛋白

(hemoglobin,Hb) 是由两个 α-亚基和两个 β-亚基形成的四聚体（α2β2）。

五、蛋白质分子中的化学键

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摘要：

第一章蛋白质化学教学目标：1.掌握蛋白质的概念、重要性和分子组成。2.掌握α-氨基酸的结构通式和20种氨基酸的名称、符号、结构、分类；掌握氨基酸的重要性质；熟悉肽和活性肽的概念。3.掌握蛋白质的一、二、三、四级结构的特点及其重要化学键。4.了解蛋白质结构与功能间的关系。5.熟悉蛋白质的重要性质和分类导入：100年前，恩格斯指出“蛋白体是生命的存在形式”；今天人们如何认识蛋白质的概念和重要性？1839年荷兰化学家马尔德（G.J.Mulder）研究了乳和蛋中的清蛋白,并按瑞典化学家Berzelius的提议把提取的物质命名为蛋白质（Protein，源自希腊语，意指“第一重要的”）。德国化学家费希尔(...

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